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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas; Embrapa Mandioca e Fruticultura. |
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Data corrente: |
28/12/2016 |
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Data da última atualização: |
03/01/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
AZEVEDO, C. F.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, F. F.; VIANA, J. M. S.; VALENTE, M. S. F.; RESENDE JUNIOR, M. F. R.; OLIVEIRA, E. J. de. |
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Afiliação: |
C. F. Azevedo, Departamento de Estatística, Universidade Federal de Viçosa; MARCOS DEON VILELA DE RESENDE, CNPF; F. F. Silva, Departamento de Zootecnia, Universidade Federal de Viçosa; J. M. S. Viana, Departamento de Biologia Geral, Universidade Federal de Viçosa; M. S. F. Valente, Departamento de Biologia Geral, Universidade Federal de Viçosa; M. F. R. Resende Junior, RAPID Genomics, Florida; EDER JORGE DE OLIVEIRA, CNPMF. |
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Título: |
New accuracy estimators for genomic selection with application in a cassava (Manihot esculenta) breeding program. |
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Ano de publicação: |
2016 |
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Fonte/Imprenta: |
Genetics and Molecular Research, v. 15, n. 4, gmr.15048838, Oct. 2016. |
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DOI: |
10.4238/gmr.15048838 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
ABSTRACT. Genomic selection is the main force driving applied breeding programs and accuracy is the main measure for evaluating its efficiency. The traditional estimator (TE) of experimental accuracy is not fully adequate. This study proposes and evaluates the performance and efficiency of two new accuracy estimators, called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE), which were applied to a practical cassava breeding program and also to simulated data. The simulation study considered two individual narrow sense heritability levels and two genetic architectures for traits. TE, RE, and HE were compared under four validation procedures: without validation (WV), independent validation, ten-fold validation through jacknife allowing different markers, and with the same markers selected in each cycle. RE presented accuracies closer to the parametric ones and less biased and more precise ones than TE. HE proved to be very effective in the WV procedure. The estimators were applied to five traits evaluated in a cassava experiment, including 358 clones genotyped for 390 SNPs. Accuracies ranged from 0.67 to 1.12 with TE and from 0.22 to 0.51 with RE. These results indicated that TE overestimated the accuracy and led to one accuracy estimate (1.12) higher than one, which is outside of the parameter space. Use of RE turned the accuracy into the parameter space. Cassava breeding programs can be more realistically implemented using the new estimators proposed in this study, providing less risky practical inferences. MenosABSTRACT. Genomic selection is the main force driving applied breeding programs and accuracy is the main measure for evaluating its efficiency. The traditional estimator (TE) of experimental accuracy is not fully adequate. This study proposes and evaluates the performance and efficiency of two new accuracy estimators, called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE), which were applied to a practical cassava breeding program and also to simulated data. The simulation study considered two individual narrow sense heritability levels and two genetic architectures for traits. TE, RE, and HE were compared under four validation procedures: without validation (WV), independent validation, ten-fold validation through jacknife allowing different markers, and with the same markers selected in each cycle. RE presented accuracies closer to the parametric ones and less biased and more precise ones than TE. HE proved to be very effective in the WV procedure. The estimators were applied to five traits evaluated in a cassava experiment, including 358 clones genotyped for 390 SNPs. Accuracies ranged from 0.67 to 1.12 with TE and from 0.22 to 0.51 with RE. These results indicated that TE overestimated the accuracy and led to one accuracy estimate (1.12) higher than one, which is outside of the parameter space. Use of RE turned the accuracy into the parameter space. Cassava breeding programs can be more realistically implemented using the new estimators proposed in this study, provi... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Accuracy estimator; Cross-validation; Genomic prediction; Mnadioca; Seleção genômica. |
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Thesagro: |
Mandioca; Manihot esculenta; Melhoramento vegetal. |
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Thesaurus Nal: |
Cassava; Plant breeding. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/161813/1/2016-M.Deon-GMR-NewAccuracy.pdf
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Marc: |
LEADER 02532naa a2200325 a 4500
001 2072711
005 2018-01-03
008 2016 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $a10.4238/gmr.15048838$2DOI
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245 $aNew accuracy estimators for genomic selection with application in a cassava (Manihot esculenta) breeding program.$h[electronic resource]
260 $c2016
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700 1 $aRESENDE JUNIOR, M. F. R.
700 1 $aOLIVEIRA, E. J. de
773 $tGenetics and Molecular Research$gv. 15, n. 4, gmr.15048838, Oct. 2016.
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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| Registros recuperados : 13 | |
| 1. |  | BERTAGNOLLI, P. F.; NICOLAU, M.; VERNETTI JUNIOR, F. de J.; STECKLING, C.; ROVERSI, A. L.; RUBIN, S. A. L.; GONÇALVES, J. A.; OLIVEIRA, M. A. R.; MATZENBACHER, R. G. Ensaios de cultivares de soja registradas, de ciclos médio/tardio, tolerantes ao glifosato, da Rede Soja Sul de Pesquisa, 2008/2009. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO SUL, 37., 2009, Porto Alegre. Programa e resumos... Porto Alegre: UFRGS, 2009. p. 54. 1 CD-ROM. RPS023.pdf.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 2. | | BERTAGNOLLI, P. F.; NICOLAU, M.; VERNETTI JUNIOR, F. de J.; STECKLING, C.; ROVERSI, A. L.; RUBIN, S. A. L.; GONÇALVES, J. A.; OLIVEIRA, M. A. R.; MATZENBACHER, R. G. Ensaios de cultivares de soja registradas, de ciclos precoce/semiprecoce, tolerantes ao glifosato, da Rede Soja Sul de Pesquisa, 2008/2009. In: REUNIÃO DE PESQUISA DE SOJA DA REGIÃO SUL, 37., 2009, Porto Alegre. Programa e resumos... Porto Alegre: UFRGS, 2009. p. 56. 1 CD-ROM. RPS025.pdf.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Trigo. |
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| 4. | | MATZENBACHER, R. G.; OLIVEIRA, J. C. de; FÃO, V. de M.; LAJUS, C. A.; MIRANDA, M.; ROSA, J. L. da; OLIVEIRA, P. H. de; PRIMAVESI, A. C. P. de A.; FLARESSO, J. A.; SANTOS, I. R.; ALMEIDA, J. L.; NORNBERG, J. L.; BASSO, S. M. S.; FLOSS, E. L. Ensaio nacional de aveias de cobertura 2004 - Análise conjunta. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 25., 2005, Ponta Grossa. Resultados experimentais... Ponta Grossa: IAPAR, 2005. p. 26-28.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 5. | | MATZENBACHER, R. G.; OLIVEIRA, J. C. de; FÃO, V. de M.; LAJUS, C. A.; MIRANDA, M.; ROSA, J. L. da; OLIVEIRA, P. H. de; PRIMAVESI, A. C. P. de A.; FLARESSO, J. A.; SANTOS, I. R.; ALMEIDA, J. L.; NORNBERG, J. L.; BASSO, S. M. S.; FLOSS, E. L. Ensaio nacional de aveias forrageiras de 2004 - Análise conjunta. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 25., 2005, Ponta Grossa. Resultados experimentais... Ponta Grossa: IAPAR, 2005. p. 34-36.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 6. | | MATZENBACHER, R. G.; PRIMAVESI, A. C. P. de A.; LAJUS, C. A.; PEGORARO, D.; EMANUELLI, E. P.; ASSAMANN, I.; OLIVEIRA, J. C.; ROSA, J. L. da; ALMEIDA, J. L.; MIRANDA, M.; BASSO, S. M. S. Ensaio nacional de aveias de cobertura de 2002 - análise conjunta. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 23., 2003, Gramado, RS. Anais... Gramado: UFRGS, 2003.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 7. | | MATZENBACHER, R. G.; PRIMAVESI, A. C. P. de A.; LAJUS, C. A.; PEGORARO, D.; EMANUELLI, E. P.; ASSAMANN, I.; OLIVEIRA, J. C.; ROSA, J. L. da; ALMEIDA, J. L.; MIRANDA, M.; BASSO, S. M. S. Ensaio nacional de aveias forrageiras de 2002 - análise conjunta. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 23., 2003, Gramado, RS. Anais... Gramado: UFRGS, 2003.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 8. | | SANDINI, I. E.; OLIVEIRA, J. C.; OLIVEIRA, E. de; SÁ, J. P. G.; ROSA, J. L.; ROCHA, R.; LAJÚS, C. A.; FLOSS, E. L.; MATZENBACHER, R. G.; PRIMAVESI, A. C. P. de A. Ensaio nacional de aveias para cobertura do solo, 1999: análise conjunta. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 20., 2000, Pelotas. Anais... Pelotas: EMBRAPA/UFPEL, 2000. p.82-84.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 9. | | SANDINI, I. E.; OLIVEIRA, J. C.; OLIVEIRA, E. de; SA, J. P. G.; ROSA, J. L.; ROCHA, R.; LAJUS, C. A.; FLOSS, E. L.; MATZENBACHER, R. G.; PRIMAVESI, A. C. P. de A. Ensaio nacional de aveias forrageiras, 1999: análise conjunta. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 20., 2000, Pelotas, RS. Anais... Pelotas: EMBRAPA/UFPEL, 2000. p.103-107.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 10. | | SANDINI, I. E.; OLIVEIRA, J. C.; ROSA, J. L.; ROCHA, R.; FLOSS, E. L.; MIRANDA, L. R.; MATZENBACHER, R. G.; PRIMAVESI, A. C. Ensaio nacional de aveias forrageiras, 1997: analise conjunta. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 18., 1998, Londrina, PR. Anais... Londrina: IAPAR, 1998. p.105-108. Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 11. | | SANDINI, I. E.; OLIVEIRA, J. C.; ROSA, J. L.; ROCHA, R.; FLOSS, E. L.; MIRANDA, L. R.; MATZENBACHER, R. G.; PRIMAVESI, A. C. P. de A. Ensaio nacional de aveias forrageiras, 1997: análise conjunta. In: REUNIAO DA COMISSAO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 18.; 1998, Londrina. Anais...Londrina: IAPAR, 1998. p.105-108.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Pecuária Sudeste. |
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| 12. | | SCHEFFER-BASSO, S. M.; PRIMAVESI, A. C. P. de A.; ALVES, A. C.; LAJÚS, C. A.; PEGORARO, D.; ASSAMANN, I.; OLIVEIRA, J. C.; ALMEIDA, J. L.; MATZENBACHER, R. G. Ensaio nacional de aveias para cobertura, 2001: análise conjunta. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 22., 2002, Passo Fundo, RS. Resultados experimentais... Passo Fundo: UPF, 2002. p.683-686.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
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| 13. | | SCHEFFER-BASSO, S. M.; PRIMAVESI, A. C. P. de A.; ALVES, A. C.; LAJÚS, C. A.; PEGORARO, D.; OLIVEIRA, J. C.; ASSAMANN, I.; ALMEIDA, J. L.; MATZENBACHER, R. G. Ensaio nacional de aveias forrageiras, 2001 análise conjunta. In: REUNIÃO DA COMISSÃO BRASILEIRA DE PESQUISA DE AVEIA, 22., 2002, Passo Fundo, RS. Resultados experimentais... Passo Fundo: UPF, 2002. p.614-615.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
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